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‘사과’의 옛 형태가 남은 기록 중 가장 오래된 것은 언해두창집요(1601)의 ‘ᄉᆞ과’이다.(“ᄉᆞ과ᄅᆞᆯ 겁질 ᄡᅵ 조ᄎᆞᆫ 재 검게 ᄉᆞ라 ᄀᆞᄅᆞ ᄆᆡᇰᄀᆞ라 사당믈예 플어 머기라”) 이 단어가 《훈몽자회》(1527)에서는 사과(沙果), 《산림경제》(18세기 초)에서는 사과(楂果)로 차자 표기되었다. 19세기까지는 능금나무(Malus asiatica)와 사과나무를 따로 구분하지 않고 크기 등의 차이로만 구분해서 불렀으나, 20세기 초 능금나무가 다른 종으로 분류된 뒤에 ‘사과’라는 단어는 Malus domestica를 부르는 말로 정착하였다. 학명 말루스 도메스티카(Malus domestica)는 라틴어로 ‘친숙한 사과’란 뜻이다. 사과라는 뜻의 ‘말루스(malus)’는 악을 뜻하는 ‘말룸(malum)’과 비슷하여 기독교 문화권에서 전통적으로 선악과로 표현된다. (#상징 참고.) 하지만 ‘말루스(malus)’는 사과를 뜻하는 고대 그리스어 ‘멜론(μῆλον)’에서 온 것으로 ‘말룸(malum)’과는 어원이 다르다. ‘멜론(μῆλον)’은 멜론의 어원이 되기도 했다.